MQSeries no obliga a utilizar ninguna estructura determinada de los mensajes que transporta.
Otros productos, como MQSeries Integrator (MQSI), ofrecen soporte a mensajes formados como C o Cobol o como series XML. Los mensajes estructurados en MQSI se definen mediante un repositorio de mensajes. Los mensajes XML suelen tener una estructura de mensaje autoexplicativa y se pueden gestionar a través de un repositorio. Los mensajes también pueden no estar estructurados y necesitar un código de usuario para analizar o construir el contenido del mensaje. Estos mensajes suelen estar semiestructurados, es decir, utilizan posiciones de bytes o delimitadores fijos para separar los campos dentro de un mensaje. MQSeries Assist Wizard ofrece soporte para estos mensajes semiestructurados. Se ofrece soporte para mensajes XML a través de alguna características nuevas de DB2 XML Extender.