Existe una serie de limitaciones en el proceso de migración de WebSphere MQ Workflow.
La migración de FDL generará actividades de invocación para actividades de UPES y los WSDL correspondientes. Sin embargo, el entorno de tiempo de ejecución difiere significativamente entre IBM WebSphere MQ Workflow y IBM WebSphere Process Server en términos de las técnicas utilizadas para correlacionar los mensajes de invocación y sus respuestas. Por tanto, el código BPEL generado no puede ejecutarse satisfactoriamente si no hay una capa de compatibilidad de UPES disponible.