Certaines restrictions s'appliquent au processus de migration de WebSphere MQ Workflow.
La migration de FDL générera des actions d'appel pour les activités UPES et les WSDL correspondants. Cependant, l'environnement d'exécution diffère beaucoup entre IBM WebSphere MQ Workflow et IBM WebSphere Process Server au niveau des techniques utilisées pour mettre en corrélation les messages d'appel et leurs réponses. Ainsi, le BPEL généré ne peut pas s'exécuter correctement si aucune couche de compatibilité UPES n'est disponible.