Aplicativos criados pelo WebSphere Integration Developer conforme os padrões de mercado associados com a arquitetura orientada a serviços.
Ninguém quer criar aplicativos ligados ao código proprietário que pode não ser mais suportado em alguns anos ou envolver altas taxas de licenciamento. A integração baseada em padrões é, portanto, um aspecto fundamental do WebSphere Integration Developer. Para a conectividade, são utilizados os padrões do J2EE Connector Architecture. Para o sistema de mensagens assíncrono, muitas vezes utilizado em grandes aplicativos que exigem a entrega de dados com garantia, é utilizado o padrão JMS (Java Message Service). O WebSphere Integration Developer pode integrar facilmente serviços da Web baseados em SOAP (Simple Object Access Protocol). Para descrever um serviço, o padrão WSDL (Web Services Description Language) bem estabelecido é utilizado. Para definir um processo de negócios, o padrão BPEL (Business Process Execution Language) é utilizado.
Essas interfaces e componentes baseados em padrões incluem uma arquitetura ilimitada e que pode ser conectada. Elementos proprietários, no entanto, não são excluídos; eles são acessados através da utilização de interfaces padronizadas. Isso significa que os aplicativos criados no WebSphere Integration Developer podem interagir com aplicativos .NET, por exemplo. Na seção de arquitetura, é fornecido um link para uma Service Component Architecture completa, que fornece uma lista extensiva dos vários padrões suportados.