Existem algumas limitações envolvidas no processo de migração do WebSphere MQ Workflow.
A migração do FDL gerará atividades de chamada para atividades UPES e os WSDLs correspondentes. No entanto, o ambiente de tempo de execução difere significativamente entre o IBM WebSphere MQ Workflow e o IBM WebSphere Process Server em termos das técnicas que são utilizadas para correlacionar mensagens de chamada e suas respostas. Portanto, o BPEL gerado não poderá ser executado com êxito se uma camada de compatibilidade do UPES não estiver disponível.