Per poter inviare e ricevere i messaggi in maniera programmata o manuale senza l'interfaccia utente di WebSphere Partner Gateway - Express, deve essere utilizzato il file system. Utilizzando "partner1" dell'esempio precedente come partner commerciale, un messaggio EDI-X12 può essere inviato collocando il contenuto EDI-X12 sotto forma di file nella directory secondaria EXPRESS_HOME/data/FileSystemAdapter2/partners/partner1/send/AS2/EDI-X12.
Una volta che Express invia il documento, verrà spostato nella directory secondaria sent/AS2/EDI-X12 se ha avuto esito positivo o nella directory secondaria error/AS2/EDI-X12 se ha avuto esito negativo. I documenti che richiedono gli MDN non vengono spostati finché non viene ricevuto l'MDN o Express scade nell'attesa dell'MDN. Gli MDN ricevuti vengono sempre collocati nella directory MDN. Quando i file vengono spostati dalle directory "send", viene loro posto il suffisso della data/ora per differenziare le diverse trasmissioni di uno stesso nome file.