IBM fornisce anche un programma di installazione da riga comandi (modalità console) che è possibile utilizzare per installare WebSphere Partner Gateway - Express sul computer. Un esempio di quando sia possibile utilizzare la modalità console è quando non è installato il sistema X Windows o non è configurato correttamente, impedendo quindi l'uso della GUI dell'installazione guidata.
Per installare WebSphere Partner Gateway - Express:
./setupLinux -console