Quando si crea un profilo autonomo di WebSphere ESB o un profilo del Deployment Manager, viene creato il dominio di gestione per detto profilo. Per gestire il dominio di gestione, avviare il processo server WebSphere ESB per il profilo ed utilizzare quindi la console di gestione WebSphere e le altre funzioni.
WebSphere ESB utilizza lo stesso supporto di dominio di gestione utilizzato per WebSphere Application Server e altri prodotti correlati come WebSphere Process Server. Di conseguenza, molte attività di gestione, e molti termini utilizzati, sono uguali sia per WebSphere ESB che per WebSphere Application Server.
È possibile modificare l'architettura di gestione di WebSphere Application Server; ad esempio, gestire nodi, agenti di nodo e gruppi di nodi.
Per agevolare la gestione delle richieste tra le applicazioni Web, i contenitori Web e i server delle applicazioni, è possibile configurare le impostazioni cella per gli host virtuali, le variabili e le librerie condivise.
I file di configurazione del server delle applicazioni definiscono i server delle applicazioni disponibili, le relative configurazioni e il contenuto. Salvare periodicamente le modifiche apportate alla configurazione di gestione. Se necessario, è possibile modificare le ubicazioni predefinite dei file di configurazione.