Cuando se crea un perfil autónomo o un perfil de gestor de despliegue de WebSphere ESB, se crea un dominio administrativo para dicho perfil. La configuración de un dominio administrativo puede cambiarse, por ejemplo, para añadir nodos a una celda del gestor de despliegue. Los valores de las celdas pueden configurarse para sistemas principales virtuales y variables. También pueden definirse bibliotecas compartidas en el nivel de celda, nodo o servidor para que puedan utilizarlas distintas aplicaciones.
WebSphere ESB utiliza el mismo soporte de dominio administrativo que se utiliza para WebSphere Application Server y otros productos relacionados como WebSphere Process Server. Como consecuencia de ello, muchas de las tareas administrativas y muchos de los términos utilizados son los mismos para WebSphere ESB y WebSphere Application Server.