Quando si crea un profilo autonomo di WebSphere ESB o un profilo del Deployment Manager, viene creato il dominio di gestione per detto profilo. È possibile modificare la configurazione di un dominio di gestione; ad esempio, aggiungere nodi ad una cella del Deployment Manager. È possibile configurare delle impostazioni a livello di cella per gli host virtuali e le variabili. È anche possibile definire delle librerie condivise a livello di server, nodo o cella per un utilizzo da più applicazioni.
WebSphere ESB utilizza lo stesso supporto di dominio di gestione utilizzato per WebSphere Application Server e altri prodotti correlati come WebSphere Process Server. Di conseguenza, molte attività di gestione, e molti termini utilizzati, sono uguali sia per WebSphere ESB che per WebSphere Application Server.