XMS 支援三種類型的受管理物件目錄: 「檔案系統」、「輕量型目錄存取通訊協定」(LDAP) 和 COS 命名。
「檔案系統」物件目錄採用已序列化的「Java 和命名目錄介面 (JNDI)」物件格式。LDAP 物件目錄可以是任何含有 JNDI 物件的目錄。「檔案系統」和 LDAP 物件目錄皆可使用 WebSphere MQ 所提供的 JMSAdmin 工具來管理。這兩種物件目錄可用來管理用戶端連線,其做法是集中 WebSphere MQ Connection Factory 和目的地。這可讓網路管理者部署都參照相同中央儲存庫的多個應用程式, 並自動更新它們以反映中央儲存庫中之連線設定的變更。
COS 命名目錄含有WebSphere 服務整合匯流排 Connection Factory 和目的地, 且可使用 WebSphere Application Server 管理主控台來管理。為了讓 XMS 應用程式能夠從 COS 命名目錄擷取物件, 必須部署「JNDI 查閱」Web 服務。