Il WebSphere Business Integration Server Express o Express Plus versione 4.4 supportano il WebSphere Application Server Express versione 6.0 e 5.1.1. La versione 6.0 è la versione installata dal Launchpad. E' necessario disinstallare una qualsiasi versione di WebSphere Application Server precedente alla versione 5.1.1. Se è già installata la versione 5.1.1 e si desidera eseguire l'aggiornamento alla versione 6.0, è necessario eseguire l'aggiornamento manualmente poiché il Launchpad non emetterà alcuna richiesta.