WebSphere Business Integration Connect supporta, per impostazione predefinita, una serie di trasporti, nonché pacchetti (come AS2) e protocolli (come EDI-X12). Ô possibile aggiungere i propri trasporti (creati dall'utente) per i trasporti e i gateway. Inoltre, è possibile caricare i gestori per modificare il modo in cui i componenti elaborano i documenti.