WebSphere Business Integration Connect unterstützt standardmäßig eine Gruppe von Transporten wie auch Paketen (z. B. AS2) und Protokollen (z. B. EDI-X12). Sie können Ihre eigenen (benutzerdefinierten) Transporte für Ziele und Gateways hinzufügen. Darüber hinaus können Sie Handler hochladen, um die Art und Weise zu modifizieren, wie die Komponenten Dokumente verarbeiten.