Actualmente toda la funcionalidad Java de la aplicación se distribuye como archivos jar precompilados. Así ha sido siempre para los módulos empresariales introducidos desde la versión 5.0 (para los que nunca se proporcionó código fuente) pero ahora ha pasado a ser cierto de manera universal. Actualmente la funcionalidad de la aplicación sólo se volverá a generar y compilar en una instalación de cliente si así lo requiere la utilización de los mecanismos de extensión del cliente. Esto significa que el proceso de compilación del cliente ya no necesita volver a compilar toda la base de código fuente Java; ahora sólo será necesario volver a compilar el código fuente específico del proyecto y el código fuente Java regenerado dependiente.
Para un número limitado de áreas funcionales principales de la versión 6.0.3 en adelante, el código fuente Java ya no se distribuye de ninguna forma. Se sigue proporcionando código fuente para el resto de la aplicación (como 'ejemplo'), pero sólo para fines de documentación. Este código no está directamente implicado en el proceso de compilación de la versión 6.0.3. Este código fuente de ejemplo se distribuye en archivos jar para cada componente individual de la forma siguiente: EJBServer\components\<nombre del componente>\sample\src.zip. Las versiones compiladas de cada componente se pueden encontrar en la siguiente ubicación: EJBServer\components\<nombre del componente>\lib\<nombre del componente>.jar.
Además, a partir de la versión 6.0.3, las operaciones de clase se han marcado como internas o externas mediante anotaciones.
Las operaciones externas forman la API oficial a la aplicación en adelante, la cual se anima a los clientes a utilizar e invocar desde su propio código.