Die Konfiguration von Fonds in Funded Program Management beginnt mit der Erstellung eines Fonds und eines Geschäftsjahres. Der Fonds und das entsprechende Geschäftsjahr werden miteinander verknüpft. Dadurch wird der Zeitraum festgelegt, in dem ein Fonds aktiv ist, sowie das Geschäftsjahr definiert, mit dem der Fonds innerhalb dieses Zeitraums verknüpft ist. Zusammengefasst beinhaltet das Einrichten eins Fonds folgende Schritte:
Um Fondsverwalter bei der Konfigurierung von Fonds und deren Geschäftsjahren zu unterstützen, zeigt die Administrationskomponente von Funded Program Management für jedes einzelne Geschäftsjahr die Liste der mit dem Fonds und den Budgets verknüpften Fondsgeschäftsjahre an.
Administratoren von Funded Program Management können Fondsdetails ändern, den Fonds mit neuen Geschäftsjahren verknüpfen und Fonds entfernen. Fonds können jedoch nur entfernt werden, wenn keine aktiven Verknüpfungen bestehen, wie z. B. verknüpfte Fondsgeschäftsjahrsalden und Fondsverbände.