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A transformação de UML em Java™ pode não limpar arquivos gerados anteriormente se eles forem o resultado de um "pacote órfão" ou de um pacote gerado anteriormente, mas que não mais existe no modelo. Isso poderia ser o resultado de um pacote no modelo que está sendo excluído/renomeado ou o resultado de arquivos que foram remapeados para um novo pacote por meio do serviço de mapeamento.
Solução alternativa: Você deve limpar manualmente esses arquivos.