CM Server è un'applicazione J2EE in esecuzione in un processo Java™ WebSphere Application Server. I server RPC ClearCase e ClearQuest devono trovarsi sulla stessa macchina di WebSphere Application Server. È possibile installare i server ClearCase tradizionali (server di registro e VOB) e i server database ClearQuest su un altro host ma Rational ClearCase e Rational ClearQuest devono essere installati su tutte le macchine su cui sono in esecuzione i server RPC. Alcuni siti possono richiedere l'accesso al CM Server tramite proxy o il reindirizzamento da un altro server WAN (ad esempio, se CM Server viene distribuito in un ambiente distribuito o in un ambiente che include più di una macchina server.)
Esistono differenze tra l'installazione di CM Server in un'istanza WebSphere Application Server esistente e la creazione di una nuova istanza WebSphere Application Server durante l'installazione.