L'area di lavoro organizza gli elementi secondo una struttura gerarchica in cui è possibile navigare come serie di cartelle nidificate. Questa gerarchia richiama quella di Esplora risorse di Windows dove è possibile espandere o comprimere le cartelle per rivelare il contenuto dei vari livelli.
È possibile identificare interrogazioni individuali, grafici e prospetti utilizzando le informazioni del nome del percorso per tale elemento. Il nome percorso per un elemento è composto dai nomi delle cartelle che lo contengono. I nomi delle cartelle sono separati da un carattere barra (/). Ad esempio, il nome percorso di un'interrogazione denominata Tutti i difetti e ubicata nella cartella Interrogazioni Pubbliche potrebbe avere come nome del percorso Interrogazioni Pubbliche/Tutti i difetti.
È possibile creare cartelle nidificate utilizzando in modo esplicito CreateWorkspaceFolder o in modo implicito quando si salva un'interrogazione. Il metodo SaveQueryDef consente di specificare le informazioni relative al nome percorso per un'interrogazione. Se nel nome percorso non esistono le cartelle IBM Rational ClearQuest le crea (a meno che esse non si trovino in una cartella al livello superiore ). IBM Rational ClearQuest non consente di creare cartelle a livello superiore; è necessario che tutti gli elementi vengano nidificati all'interno o delle cartelle Interrogazioni Pubbliche o delle cartelle Interrogazioni Personali.