È possibile creare una configurazione semplice che utilizza un singolo computer sia per l'applicazione Web Rational ClearQuest che per il server Rational ClearQuest server. Possono essere aggiunti altri computer server Rational ClearQuest per ottenere una maggiore capacità di transazione.
Per migliorare le prestazioni è possibile eseguire l'applicazione Rational ClearQuest Web su un computer e il server Rational ClearQuest su un altro. Per ottimizzare ulteriormente la capacità del server, è possibile aggiungere computer che eseguono anche il server Rational ClearQuest.
Se più server sono utilizzati con una sola applicazione Rational ClearQuest Web, l'applicazione Web bilancia il carico tra tutti i server. Se un server produce errori, l'applicazione Web invia tutte le successive richieste di nuove sessioni a uno degli altri server disponibili.
Se si sta distribuendo Rational ClearQuest Web sul sistema operativo Linux o sul sistema UNIX e si vogliono fornire capacità di notifica all'applicazione Web Rational ClearQuest, è necessario configurare almeno un computer Windows per eseguire il server Rational ClearQuest poiché la notifica non è supportata sul sistema UNIX o su Linux per Rational ClearQuest Web.