O recurso "Salvar como" ao editar um modelo salvará as alterações no arquivo original e o novo arquivo.
A primeira mensagem que você verá é para informar sobre a gravação do original:
"O editor contém alterações que devem ser salvas para que esta operação possa ser concluída. Salvar agora?"
As mensagens após essa correspondem ao novo arquivo sendo criado. Você não deve usar o recurso "salvar como" se quiser preservar o conteúdo do arquivo original.