As ferramentas de depuração do Editor de Mapeamento de Mensagens permitem depurar mapas em uma única transformação de cada vez, enquanto também visualiza a origem, o destino e as variáveis do mapa. Também é possível incluir pontos de interrupção que suspendem a execução do mapa enquanto investigam um problema. Também é possível percorrer um mapa comando por comando e avançar para um submapa para investigar problemas. Uma opção de retomada permite retomar a execução do mapa a qualquer momento.
Os dados de origem e de destino exibidos na visualização de depuração estão relacionados à definição no Editor de Mapeamento de Mensagens, em vez da máquina virtual em execução. Os dados de origem e de destino exibidos incluem as definições utilizadas no mapa, mas não incluem as definições do ambiente local utilizadas na implementação da transformação.