Use o API Java™ do Message Broker para modificar uma instância padrão para remover conexões entre nós.
MessageFlow mf1 = patternInstanceManager.getMessageFlow("MyFlowProject", "main.msgflow");
MQInputNode mqinNode = (MQInputNode)mf1.getNodeByName("My Input Node");
MQOutputNode mqoutNode = (MQOutputNode)mf1.getNodeByName("My Output Node");
mf1.disconnect(mqinNode.OUTPUT_TERMINAL_OUT, mqoutNode.INPUT_TERMINAL_IN);