L'installazione e la configurazione di WebSphere ESB richiede una preparazione al fine di assicurarsi che il sistema rispetti i requisiti, ciò comporta l'installazione di software e l'esecuzione di ulteriori attività di configurazione per predisporre completamente l'ambiente di runtime. Vengono fornite istruzioni per i sistemi Linux®, i5/OS, UNIX® e Windows®.