Domyślnie usunięcie akt, kategorii akt, folderu akt lub woluminu (ręcznie lub poprzez przeglądanie z rozporządzeniem) powoduje trwałe usunięcie obiektu ze składnicy obiektów. Jednak administrator systemu może skonfigurować system w celu zachowywania metadanych dla każdego usuwanego obiektu. Jeśli skonfigurowana jest opcja zachowywania metadanych, wówczas obiekt jest usuwany z systemu tylko logicznie.
Oznacza to, że obiekt nie jest widoczny w aplikacji IBM® Enterprise Records, ale nadal istnieje w składnicy obiektów.
Jeśli zostanie usunięty kontener, a system system jest skonfigurowany w celu zachowywania metadanych, wówczas metadane dowolnych zachowanych obiektów również są zachowywane z jednym wyjątkiem: jeśli obiekt zawarty w kontenerze stanowi akta i te akta zostały umieszczone w więcej niż jednym kontenerze, wówczas akta są po prostu usuwane z usuniętego kontenera.
Opcję zachowywania metadanych należy skonfigurować na poziomie planu umieszczania w folderach i dlatego skonfigurowane ustawienie dotyczy wszystkich obiektów w planie umieszczania w folderach. Zachowywane są wszystkie metadane dla obiektu, w tym również metadane, które określają dowiązania oraz wszelkie wpisy dziennika kontroli. Administrator systemu może wyeksportować te usunięte obiekty oraz wszystkie ich metadanych dla celów historycznych, a następnie trwale usunąć te obiekty ze składnicy obiektów.