Z każdą adnotacją są skojarzone domyślne ustawienia zabezpieczeń. Jeśli użytkownik ma odpowiednie uprawnienia, może skonfigurować zabezpieczenia adnotacji, aby określić, którzy użytkownicy mogą przeglądać, edytować lub usunąć daną adnotację. Zabezpieczenia każdej adnotacji są niezależne od pozostałych adnotacji i niezależne od zabezpieczeń obrazu, na którym adnotacja się znajduje, jednak domyślne ustawienia zabezpieczeń mogą być dziedziczone z dokumentu podstawowego.
Administrator serwisu określa, czy domyślne zabezpieczenia adnotacji są dziedziczone z domyślnych ustawień obiektu dokumentu, czy też z domyślnych ustawień zabezpieczeń klasy adnotacji. Administrator serwisu definiuje klasy i ich domyślne ustawienia zabezpieczeń, korzystając z narzędzi nienależących do aplikacji.
Aby ustawić zabezpieczenia: