Par défaut, lorsqu'une catégorie d'enregistrement, un dossier d'enregistrement, un volume ou un enregistrement est supprimé(e), l'entité est définitivement supprimée de la librairie. Cette suppression peut être manuelle ou effectuée par balayage d'élimination. L'administrateur système peut toutefois configurer le système pour la conservation des métadonnées des entités supprimées. Si l'option de conservation des métadonnées est définie, l'entité n'est supprimée que logiquement du système.
Ainsi, l'entité ne s'affiche plus dans l'application IBM® Enterprise Records mais est conservée dans la librairie.
Si un conteneur est supprimé et que le système est configuré pour conserver les métadonnées, les métadonnées de toutes les entités du contenu sont aussi conservées avec une exception. Si l'entité contenue est un enregistrement et que l'enregistrement est classé dans plusieurs conteneurs, l'enregistrement est déclassé du conteneur supprimé.
L'option de conservation des métadonnées est définie à l'échelle du plan de fichiers, le réglage choisi s'applique donc à l'ensemble des entités du plan de fichiers. Toutes les métadonnées de l'entité sont conservées, y compris les métadonnées spécifiant des liens ou des entrées de journal d'audit. L'administrateur système peut exporter régulièrement ces entités supprimées et l'ensemble de leurs métadonnées à des fins d'historique, puis supprimer définitivement les entités de la librairie.