Pri odstránení kategórie záznamov, priečinka záznamov, zväzku alebo záznamu je zo skladu objektov štandardne trvalo odstránená entita. Toto odstránenie môže byť manuálne alebo prostredníctvom vyčistenia dostupnosti. Administrátor systému však môže systém konfigurovať tak, aby metaúdaje pre každú odstránenú entitu boli uchované. Ak je nakonfigurovaná voľba metaúdajov uchovania, entita je odstránená zo systému len logicky.
To znamená, že entita nie je viditeľná v aplikácii IBM® Enterprise Records, ale naďalej zostáva v sklade objektov.
Ak je kontajner odstránený a systém je nakonfigurovaný na zachovanie metaúdajov, metaúdaje akýchkoľvek obsiahnutých entít budú zachované tiež s jednou výnimkou. Ak je obsiahnutá entita záznam a záznam je zaradený vo viac ako jednom kontajneri, záznam bude vyradený z vymazaného kontajnera.
Voľba metaúdajov uchovania sa konfiguruje na úrovni plánu súborov a preto sa nakonfigurované nastavenie použije na všetky entity v pláne súborov. Všetky metaúdaje pre entitu sú uchované, vrátane metaúdajov, ktoré určujú prepojenia a všetky položky protokolu auditu. Administrátor systému môže exportovať tieto odstránené entity a všetky ich metaúdaje kvôli sledovaniu histórie a následne entity trvalo odstráni zo skladu objektov.