Par défaut, lors de la suppression (manuelle ou par balayage d'élimination) d'une catégorie ou d'un dossier d'enregistrements, d'un volume ou d'un enregistrement, l'entité est définitivement supprimée de la librairie. L'administrateur système peut toutefois configurer le système pour la conservation des métadonnées des entités supprimées. Si l'option de conservation des métadonnées est définie, l'entité n'est supprimée que logiquement du système. Ainsi, l'entité ne s'affiche plus dans l'application IBM InfoSphere Enterprise Records mais reste conservée dans la librairie.
Si un conteneur est supprimé et le système est configuré pour conserver les métadonnées, les métadonnées de toutes les entités du conteneur sont conservées, à une exception : si l'entité est un enregistrement classé dans plusieurs conteneurs. Dans ce cas l'entité est simplement déclassée du conteneur supprimé.
L'option de conservation des métadonnées est définie à l'échelle du plan de fichiers, le réglage choisi s'applique donc à l'ensemble des entités du plan de fichiers. Notez que toutes les métadonnées de l'entité sont conservées, y compris celles spécifiant des liens ou des entrées de journal de contrôle. L'administrateur système peut exporter régulièrement ces entités supprimées et l'ensemble de leurs métadonnées à des fins d'historique, puis supprimer définitivement les entités de la librairie.