Warehouse-Agenten verwalten den Datenfluss zwischen den Datenquellen und Ziel-Warehouses. Warehouse-Agenten stehen für die Solaris-Betriebsumgebung sowie für die Betriebssysteme Windows NT, Windows 2000, AIX, OS/2, OS/390 und AS/400 zur Verfügung. Sie verwenden die ODBC-Treiber (ODBC = Open Database Connectivity) oder die DB2 CLI, um mit unterschiedlichen Datenbanken zu kommunizieren. Verschiedene Warehouse-Agenten können die Übertragung von Daten zwischen den Quellen und den Ziel-Warehouses durchführen.